O Futsal do Fortaleza foi organizado entre 2000 e 2001, através do trabalho do então Diretor de Esportes Olímpicos, Lúcio Bomfim.

O Tricolor é o atual campeão da Liga Nordeste de Futsal, competição que teve sua fase final disputada em Moita Bonita(SE). Veja as conquistas do clube no Futsal:

- Campeão da Copa Norte-Nordeste em São Luís (MA) – 2003.

- Vice-campeão do Nordestão, em Aracaju (SE) – 2003.

- Tricampeão da Copa Metropolitana - 2002, 2004 e 2006.

- Campeão Cearense Adulto Masculino – 2008.

- Vice-campeão Cearense Adulto Masculino - 2009.

- Campeão da Liga Nordeste – 2009.

Em dezembro de 2009, o Fortaleza Esporte Clube foi homenageado na 7ª Noite das Personalidades do Futsal, realizada em Aracati, pela conquista da Liga Nordeste 2009. Além do clube, o atleta Rude recebeu a homenagem por ter sido eleito como o craque do ano e o goleiro Facó recebeu o prêmio de melhor goleiro do ano. O Diretor de Futsal do Leão, Betinho, foi escolhido o melhor diretor de futsal.

Em 2010, o Fortaleza disputará as seguintes competições: Super Liga de Futsal, Copa Metropolitana, o Campeonato Cearense e a Liga do Nordeste.

Aqui no Site Oficial do clube, você pode saber todos os detalhes do time de futsal: campeonatos em disputa, elenco, comissão técnica, programação de treinos e notícias atualizadas.